สำนักงานทรัพยากรน้ำแห่งชาติ หรือชื่อเดิม สำนักงานบริหารจัดการทรัพยากรน้ำแห่งชาติ เป็นส่วนราชการที่อยู่ในบังคับบัญชาขึ้นตรงต่อ นายกรัฐมนตรี สังกัดสำนักนายกรัฐมนตรี ตามมาตรา 7 แห่งพระราชบัญญัติปรับปรุงกระทรวง ทบวง กรม พ.ศ. 2545 และที่แก้ไขเพิ่มเติม โดยจัดตั้งขึ้นตามคำสั่งหัวหน้าคณะรักษาความสงบแห่งชาติ ที่ 46/2560 เรื่อง การจัดตั้งสำนักงานบริหารจัดการทรัพยากรน้ำแห่งชาติ เมื่อวันที่ 25 ตุลาคม พ.ศ. 2560 มีที่ทำการชั่วคราวอยู่ที่ สำนักงานคณะกรรมการข้าราชการพลเรือน หรือ ก.พ.
          สำนักงานทรัพยากรน้ำแห่งชาติ แบ่งส่วนราชการภายใน ตามกฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการสำนักงานทรัพยากรน้ำแห่งชาติ สำนักนายกรัฐมนตรี พ.ศ. 2561 ซึ่งประกาศในราชกิจจานุเบกษา เล่ม 135 ตอนที่ 8 ก วันที่ 16 กุมภาพันธ์ 2561 หน้า 3 ข้อ 6 ในสํานักงานทรัพยากรน้ําแห่งชาติ ให้มีศูนย์ปฏิบัติการต่อต้านการทุจริต เพื่อทําหน้าที่หลักในการบูรณาการและขับเคลื่อนแผนการป้องกันและปราบปรามการทุจริต และการส่งเสริมคุ้มครองจริยธรรมในสํานักงาน รับผิดชอบงานขึ้นตรงต่อเลขาธิการ โดยมีนายศิริวัฒนา ตอวิวัฒน์ ตำแหน่งผู้เชี่ยวชาญด้านกฎหมาย ปฏิบัติราชการแทน ผู้อำนวยการศูนย์ปฏิบัติการต่อต้านการทุจริต ในขณะนั้น ต่อมาวันที่ 1 ตุลาคม 2561 ได้ย้ายอาคารที่ทำการไปอยู่ที่อาคารจุฑามาศ แขวงตลาดบางเขน เขตหลักสี่ กรุมเทพมหานคร เนื่องจากที่ทำการเดิมมีพื้นที่คับแคบ